Kommunerne Egedal, Furesø, Allerød og Frederikssund har udpeget Naturpark Mølleåen som den tidligere Naturparken mellem Farum og Slangerup. Kommunerne har vedtaget en fælles Naturparkplan, hvis hovedlinjer også skal indgå i kommuneplanerne. Naturparken er etableret i samarbejde med Naturstyrelsen Østsjælland, hvis driftsplaner indgår i Naturparkplanen, samt med Foreningen Naturparkens Venner og Danmarks Naturfredningsforening. Hver kommune og Naturstyrelsen har vedtaget og gennemfører et budget i sit eget område som hidtil – bortset fra en fælles pulje til naturvejleder og administration mv, som pt. dækkes af Egedal og Furesø Kommuner.
Naturparkrådet er et rådgivende organ, som består af 1 kommunalbestyrelsesmedlem, 1 medlem af Grønt Råd og 1-2 lodsejerrepræsentanter fra hver kommune samt 1 medlem fra Naturstyrelsen, 1 fra Foreningen Naturparkens Venner, fra 1 Danmarks Naturfredningsforening og 1 fra Friluftsrådet. Kommunernes forvaltninger deltager i møderne og foretager i øvrigt administrationen på vegne af kommunalbestyrelserne.
Danske Naturparker er Friluftsrådets certificeringsordning, der kan benyttes til de større regionale naturparker udover nationalparkerne. Den fremhæves til dette formål i Naturplan Danmark. Naturparken godkendes og certifikatet udstedes af Danske Naturparkers Nationalkommité, hvori deltager:
Naturstyrelsen, Kommunernes Landsforening, Danske Regioner, KU Skov og Landskab, Danmarks Naturfredningsforening, Landsforeningen for Bygnings- og Landskabskultur, Dansk Turismefremme, Naturhistorisk Museum i Århus, De kommunale Park‐ og Naturforvaltere, Dansk Skovforening, Landbrug og Fødevarer samt Friluftsrådet.
Der henvises i øvrigt til Naturparkens udpegningsgrundlag samt Danske Naturparkers hjemmeside.
Certificeringen medfører ingen ændringer i lodsejernes rettigheder, som er underordnet lovgivning, fredning og kommunal planlægning som hidtil.